Santiago, desapareció en el marco de un violento desalojo de un corte de ruta impulsado por integrantes de la comunidad mapuche del Pu Lof Cushamen, en Chubut, en el marco de una disputa de tierras adquiridas de manera ilegal por el grupo extranjero Benetton, que originariamente son de los mapuches. Así, se desató una represión que se extendió desde la ruta hacia el interior de la comunidad. 

El operativo fue ordenado por el exjefe de Gabinete del Ministerio de Seguridad de la Nación, Pablo Noceti, que se encontraba presente en el lugar, a pesar de luego haber negado su participación. Desde entonces, Noceti, fue señalado como uno de los responsables de la desaparición de Maldonado por los querellantes, organismos de derechos humanos, miembros de la comunidad mapuche y la propia familia del desaparecido.

Los testigos expresaron haber visto a Santiago intentando escapar cuando comenzó la represión por parte de la Gendarmería Nacional, sin lograr cruzar el río Chubut. Lo que sucedió de ahí en más, es todo misterio: lo que sí se sabe es que Maldonado apareció sumergido en el agua de ese mismo río recién 78 días después del operativo, en una zona que ya había sido rastrillada al menos dos veces previas, en un punto donde el agua era baja y cristalina. Los billetes y el DNI que llevaba, se encontraban en perfecto estado a pesar de la exposición al agua.

Si bien nunca se logró determinar qué sucedió, el juez federal de Rawson, Gustavo Lleral, decidió cerrar la causa por presunta desaparición forzada el 29 de noviembre del 2018 alegando que Maldonado murió "a causa de una asfixia por sumersión coadyuvado por un cuadro de hipotermia" el mismo día de su desaparición, y que durante esos casi tres meses permaneció sumergido en el río. En el mismo fallo, decidió sobreseer al gendarme Emmanuel Echazú, el único imputado por la desaparición y muerte de Maldonado. Además, consideró probado que en el operativo represivo realizado por Gendarmería Nacional el 1 de agosto de 2017, "no resultó detenido Santiago Maldonado ni persona alguna".

En septiembre de 2019, la Cámara Federal de Apelaciones de Comodoro Rivadavia reabrió la investigación y ordenó pruebas para determinar si pudo haber abandono de persona por parte de personal de Gendarmería o miembros de la comunidad mapuche que estaban junto al joven.

Sobre esto, un párrafo de la resolución de la Cámara indica que "existen puntos de convergencia que permiten concluir que quienes vieron por última vez a Santiago Maldonado fueron Lucas Ariel Naiman Pilquimán, Matías Daniel Santana y Nicasio Luna Arratia".

El Tribunal de Apelaciones resolvió así una apelación presentada a principios del 2019 por los querellantes del caso, y ratificó que no se probó el delito de desaparición forzada, pero revocó el sobreseimiento al gendarme Emmanuel Echazú y también el cierre de la pesquisa.

Tanto su familia, amigos y organismos de derechos humanos, exigen la reapertura de la causa, pidiendo que se llegue a la verdad a través de una investigación independiente e imparcial que tenga como fin la verdad y justicia.

En la actualidad, la causa, está siendo tramitada por el Juzgado Federal de Esquel, a cargo de Gustavo Lleral. Cuando se reabrió la investigación, la familia Maldonado recusó a Lleral y el magistrado aceptó la recusación, pero la Cámara Federal de Comodoro Rivadavia revocó la decisión y lo ratificó como juez de la causa. Ante el recurso de la querella, la Cámara de Casación confirmó esta decisión, que todavía puede recurrirse ante la Corte Suprema. 

La familia insiste en que Lleral, cuando comunicó por qué murió el joven, cerró la causa "omitiendo que se trató de una muerte violenta, como consta en el informe de la autopsia". También destacaron que los billetes que tenía Maldonado en el pantalón se encontraban en perfecto estado y que el juez Lleral denegó el pedido de peritaje de ese dinero. 

Paralelamente, la familia de Santiago presentó un Recurso de Queja ante la Corte Suprema, en el que solicita la nulidad de las intervenciones telefónicas que se dispusieron sobre los teléfonos de Sergio Maldonado y de tres testigos.

Mientras tanto, las dudas persisten y la familia aún espera que se aclare la incertidumbre que junto con el trabajo de Verónica Heredia, abogada de la familia de la víctima, insisten para que la Justicia investigue haciendo foco en el accionar del Estado y las fuerzas de seguridad.

La conclusión que hoy tenemos es que la causa de muerte de Santiago Maldonado fue "ahogamiento por sumersión en las aguas del río Chubut, coayudado por hipotermia". Muchas son las dudas alrededor del hecho donde el pedido de justicia sigue vigente. Una desaparición que movilizó a la sociedad argentina y generó debates encontrados. Hoy, tres años después, nos seguimos preguntando ¿QUÉ PASÓ CON SANTIAGO MALDONADO?