Cuatro años atrás comenzaba uno de los períodos más tensos en la historia de la relación de las Fuerzas de Seguridad con la represión de la protesta, cuando se produjo la desaparición de Santiago Maldonado tras el desalojo de un corte de ruta a cargo de la Gendarmería y la posterior agresión a los integrantes del Pu Lof Cushamen.

Fueron 77 días sin noticias sobre el paradero del joven tatuador, con fuertes acusaciones entre el gobierno de Mauricio Macri, que encarnó a través de la figura de Patricia Bullrich una defensa cerrada de Gendarmería y la familia Maldonado, representada en el hermano de Santiago, Sergio. 

La desaparición se investigó en primer término como averiguación de delito pero antes de que termine agosto de 2017, más precisamente el 24, la justicia Federal pasó a investigar lo sucedido como "desaparición forzada de persona".

Los compañeros de Maldonado en el Pu Lof Cushamen denunciaron que Gendarmería se lo había llevado en una camioneta luego de entrar al lugar e iniciar una violenta represión. El 6 de agosto fueron examinados los vehículos de la fuerza, pero antes fueron lavados "en cumplimiento de los reglamentos internos de la fuerza", según el ministerio de Seguridad nacional.

A lo largo de las semanas donde estuvo desaparecido Maldonado se realizaron distintos rastrillajes a cargo de la Justicia y acompañado por las fuerzas de seguridad. Se incluyeron buzos, drones y helicópteros para peinar el Río Chubut y el Pu Lof donde dijeron estaba Maldonado el 1 de agosto.

El 17 de septiembre fue removido el primer juez de la causa, quien fue acusado de desviar la investigación por hechos como el allanamiento a una peluquería en San Luis por los comentarios de una mujer que dijo "haberle cortado el pelo" a una persona muy parecida a Maldonado.

Guido Otranto también recibió fuertes críticas de parte de la familia y organismos de DDHH por haber dicho en el diario La Nación que su teoría era que Maldonado había fallecido ahogado.

En su lugar tomó la causa el juez Gustavo Lleral y el 17 de octubre de 2017 se halló en las aguas del Río Chubut, a metros de donde los testigos dijeron habían visto por última vez a Maldonado, el cadaver de un hombre.

El 20 de octubre se conoció a través de declaraciones preliminares a la prensa por parte de Lleral que el cuerpo era de Maldonado. El cuerpo había sido trasladado para una autopsia a cargo de el Cuerpo Médico Forense de la Corte Suprema, con la asistencia en garantía del Equipo Argentino de Antropología Forense.

El 24 de noviembre se conocieron los resultados de las pericias que confirmaron que Maldonado "por ahogamiento por sumersión en el agua del río Chubut coadyuvado por hipotermia" y que su cuerpo estuvo siempre dentro del agua.

La causa se cerró un año después, a finales de noviembre de 2018 y el magistrado consideró que Maldonado murió a raíz de un "conjunto de incidencias" por las que "nadie" era responsable.

Esto generó críticas de la familia y organizaciones de DDHH, que exigieron se analice la responsabilidad de Gendarmería por su violento ingreso al Pu Lof que motivó el escape de Maldonado a través del río helado sin saber nadar.