Tras años de malos campeonatos y pésimas dirigencias, el 15 de junio, pero del 2013, Independiente tocó fondo y descendió a la B Nacional luego de caer frente a San Lorenzo por 1-0 de local.

Muchos hinchas prefieren olvidar lo sucedido y sacar chapa por ser el equipo más ganador de la Copa Libertadores de la historia. Otros, eligen hacer memoria para no repetir lo sucedido y no tropezar dos veces con la misma piedra, porque a pesar no estar cerca del descenso, hoy Independiente es sinónimo de malas administraciones, deudas y también de problemas futbolísticos.

En aquel entonces, el descenso de River estaba muy presente, había sucedido hace dos temporadas ni más ni menos, pero los hinchas del Rojo sentían que no les iba a tocar porque hasta las últimas fechas mantuvieron las esperanzas, pero fue el mismo Millonario que antes del partido con San Lorenzo lo castigó y venció de local por 2-1, por lo que Independiente pasaba a depender de otros resultados a falta de dos partidos.

La fecha 18 del torneo final 2013 llegó e Independiente también cayó frente al Ciclón y junto a Unión y San Martín de San Juan disputaron durante la segunda mitad del 2013 hasta junio de 2014 la segunda división del fútbol argentino.

Al finalizar el campeonato, el Rojo quedó cuarto, con la misma cantidad de puntos que Huracán, pero con peor diferencia de gol y lo obligó a jugar un partido desempate en el estadio Único de La Plata, en donde los de Avellaneda se impusieron por 2-0 y regresaron al lugar que les pertenece: la primera división.